Gentoo には、/etc/init.d/ にあるスクリプトを自動起動するおまじないとして
# rc-update add script default
という呪文があります。
何をadd(自動起動指定)しているか?は、
/etc/runlevels/default/
を見るとわかります(Symbolic-linkがあります)。
/etc/runlevel/ には、boot/ , default/ nonetwork/ single/
というディレクトリがあって、
boot/ は、boot時の自動起動指定の対象物(へのSymbolic-link)が格納されています。